2003年1月,进入国家一队;9月28日获得世界青少年巡回赛新西兰公开赛男单冠军,此前在半决赛、决赛中分别战胜了队友马龙、李虎,此次公开赛也获得了男双冠军(与马龙)和团体冠军。
2004年,张继科获得亚洲青少年锦标赛团体冠军,后因违反队规被下调省队。2005年,张继科在全国优秀青少年调赛中获得单打冠军,全运会双打第7名。
2006年,张继科在全国锦标赛上打进八强,重返国家一队。2007年参加萨格勒布世乒赛,与姚彦打混双,第二轮输给德国的苏斯/沃西。
2008年是张继科崭露头角的一年,在奥运会之后开幕的乒超联赛中,张继科表现抢眼,他作为山东鲁能的头号主力出场,长时间占据了胜率榜的前三位。2008年年底的全国锦标赛上,张继科更是一鸣惊人,在与王皓等人合作以全胜战绩为解放军队获得男团冠军之后,张继科在男单比赛中连胜马琳、王励勤和王皓三名奥运冠军,一举获得男单冠军。